女性正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内的女性激素影响，每月脱落一次形成月经。

当月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状似巧克力，故称“巧克力囊肿”。

这种囊肿逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。